Gimnazijos savivalda grindžiama bendraisiais švietimo tikslais, Gimnazijoje vykdomomis švietimo programomis ir Gimnazijos tradicijomis. Gimnazijoje veikia šios savivaldos:
Gimnazijos savivaldos institucijos kolegialiai svarsto Gimnazijos veiklos ir finansavimo klausimus ir pagal kompetencijas, apibrėžtas Trakų gimazijos nuostatuose, priima sprendimus, daro įtaką direktoriaus priimamiems sprendimams, atlieka visuomeninę Gimnazijos valdymo priežiūrą. Gimnazijos savivaldos institucijų įvairovę, jų kompetenciją ir sudarymo principus įteisina Trakų gimnazijos nuostatai.
